长江流域是我国人口密度最高、经济活动强度最大、环境压力最严重的流域之一，航运事故已对水源安全构成重大威胁。调研报告显示，长江水道承担了沿江地区85%的大宗货物和中上游地区90%的外贸货物运输量。长江沿线共有生活和工业等各类取水口近500处，涉及人口约1.4亿人。近500处取水口大都为开放式水源地，抗风险能力较差。
据长江海事局统计，1988年至2009年间，辖区内共查处船舶污染事故367起，其中重大事故23起。在重大事故中，发生油类污染事故16起、化学品污染事故7起，导致溢油近1500吨、化学品泄漏1400多吨。其中还未包括各类船舶因随意向长江倒泄垃圾、油污引起的水体污染。
污染物集中排放对长江沿线近500个取水口造成直接威胁。2010年以来，因撞船等船舶事故，上海青草沙水源地采取预防性关闸、停止取水达16次，威胁到黄浦江水源地的有8次。为此，调研报告建议，全国人大常委会抓紧启动立法调研，尽快制定《长江法》，立法重点确立相关保护制度，比如长江流域水资源保护基金制度等。
流域性水污染事故极易形成跨界水污染公共安全事件，而流域性水污染事件巨额损害赔偿往往无法得到足额赔付，容易引发群体性事件。调研组建议，通过立法确立水污染责任保险制度，明确流域内的排污单位和运输船舶根据环境安全的需要，投保环境污染责任保险。 调研组还建议建立长江流域生态补偿制度，以跨地区界断面的水质监测数据为依据，确定具体水质标准，上游水质达到或者优于这一水质标准的，下游予以补偿;上游水质劣于这一水质标准的，上游应予赔偿。
调研组建议《长江法》中引入《环境保护法》中的“按日计罚”制度，对于连续性违法行为实行“按日计罚”，以增强法律的威慑力。对一些发生环境污染事故或者有严重环境违法行为的企事业单位，除对当事单位进行处罚外，还可以对单位主要负责人和有关责任人员处以相应的罚款。
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